2）明末•吴又可著《瘟疫论》，是关于传染病学的专门著作，为温病学说的形成奠定了基础；提出“戾气”致病的新学说
3）清中叶，温病学说已经形成独立学说，和伤寒学说并称中医治疗外感的两大学说。
4）清•叶天士，被认为是温病学派的创始人，著《温热说》，提出温病发病的途径、辨证施治等方面的纲领。
5）清•吴鞠,在叶天士基础上创温病的三焦辨证，著《温病条辨》进一步把温病分成九种，提出对症的各种诊治用药方法。
6）清•王孟英，总结前两人学说，著成《温病经纬》，是一部总结性的著作。
2、明人痘接种法的发明
3、明•陈实功的《外科正宗》
内容：论及外科常见疾病100多种，选入了唐宋以来许多有效方剂；主张治疗外科疾病应该内服和手术并重；记载了成功做过的断喉吻合术等。
意义：在中医外科学发展中，总结前人成果，起承上启下作用。
4、方剂学明初《普济方》
我国现存最大方书，使明代以前的大部分方书内容得以保存，为后世研究中医药学提供了丰富资料。
5、解剖方面清晚期王清任的《医林改错》
1）补充订正了前人在人体构造研究中的一些缺点错误，为中国解剖学和医学思想的发展作出了一定贡献；
2）对人体内脏认识比前人提高很多，还记述了一些气管、支气管知识等。
（三）西方医药学的传入
1）最初传入的是人体解剖方面知识明末《人体图说》；
2）康熙年间《本草补》最早介绍西药来我国的专著。