进一步说，在WTO尚未形成的管制领域中适用不违法之诉实际上是要求专家组以司法解释的形式来造法，无论是主动还是被动，专家组或上诉组织实际上取得了立法者和法官的双重地位。虽然WTO明文禁止这种情形，但由于目前WTO“反向一致”的机制通常会接受专家组报告，这意味着很难防止这种情况的发生，其危险性很大。相比之下，过去GATT中全体缔约方一致通过专家组报告的做法在某种程度上可以制约专家组的权限，使其不能完全按自己的意愿来判案，例如柑橘案的报告就没有通过，但这种制约随“反向一致”的机制而消失，转而由上诉机构做出最终判断。但上诉机构的职权有限，它只能就当事方上诉的法律问题做出裁决 [21] ，如果当事方没有就不违法之诉的问题上诉，则上诉机构不能主动介入，因此这不是全面、有效的制约。而且，处于双重地位的专家组也并未因此而处于佳境，它也往往处于两难的境地。专家组在断案时不仅要考虑法律问题，它也必须在一定程度上尊重各成员国的主权意识，其职权毕竟是有限的 [22] 。从已发生的案例来看，不违法之诉往往迫使专家组在没有WTO明文规定的情况下就某些敏感的问题做出判断，这种判断即使在法律上不存在问题也很可能因为不利于某些国家而遭到抵制，更不用说目前WTO争端解决机制还不能完全确保专家组的法律分析不出现问题，而专家组在判断上出现的重大偏差很可能破坏各成员国对WTO争端解决机制的脆弱信心。另外，如果专家组裁决政府措施不违法但造成了其他国家贸易利益的减损，而争端双方又没有达成双方满意的调整，申诉方自然会寻求其他救济，即补偿和中止减让 [23] ，这即是强迫被诉方执行，但恐怕被诉方很难心服口服，因为毕竟这种裁决在法律上很难自圆其说，这也会使他们对WTO法律体系产生怀疑。成员国对WTO的信心危机会加剧各成员国的单边主义倾向，导致贸易问题再次回到需要实力来解决的老路，从而破坏了费尽心血才建立起来的以法律为导向的多边贸易体制。
同时，不违法之诉的危险性还在于它可能导致一些具有高度政治敏感性的问题被当作法律问题提交到专家组，即政治问题法律化，而这正是WTO所极力避免出现的情况。对于这种问题，专家组既不能拒绝处理它们又很难对其真正地适用法律，无论专家组的态度是积极还是消极都可能引发成员国的不满，这种政治问题法律化的倾向也会严重破坏WTO所极力推崇的规则取向。例如，目前竞争法、劳工问题和环境问题已经成为WTO新一轮谈判中的热点，有学者还试图将人权和贸易挂钩，其中包含着浓重的政治斗争的味道，发达国家和发展中国家的利益和意见在这些问题上尖锐对立，如果不违法之诉在这种问题上出现，专家组该做何裁决？即使有裁决，各成员国又会做何反应？笔者认为，在各国就这些问题在政治、外交、争端解决机制等问题上达成共识以前，WTO争端解决机制和专家组不宜陷入这种说不起清理还乱的泥潭。
即使是在WTO已经形成的协议中，不违法之诉可能造成同样的问题。一个问题是不违法之诉过去狭窄的基础显然不能覆盖WTO各协议，这就需要发展新的实体理论基础和具体适用条件来支持。但是目前WTO各协议中的有关规定似乎在此问题上没有太多的具体实体规则可以参照，基本仍是程序性规定为主，这样专家组仍需要自己摸索、创造，但这又等于专家组造法，还是不可接受的。另一个问题是不违法之诉在目前WTO各协议中的发展并不同步，这就造成根据不同协议提起的申诉很可能发展出不同的规则、适用不同的条件，导致不违法之诉一种救济方式却有多个标准，这对于维护WTO法律体系的统一性显然不利。这方面最明显的例子就是GATS。GATS中的不违法之诉已经发生了变化，但无论是作为一个框架性协议的GATS本身还是其不违法之诉都不甚明确，GATS只是就不违法之诉的注意点作了一些调整，并未有非常细致的规则可以遵循，还不足以改变不违法之诉可能造成的问题。但在目前，很难设想WTO法律体系能够在法律上充分考虑到不违法之诉的这些问题并提供真正实质意义上的规则，其潜在的问题不容轻视。
对于一些发展中国家来说，不违法之诉还可能制造一些特殊问题。笔者认为，不违法之诉会由于WTO专家组和上诉机构遵从先例的倾向而更具危险性。通过阅读专家组报告可以发现，尽管WTO在理论上并不接受英美法中的先例约束力原则(stare decisis)，但各专家组报告都会频繁引用以前专家组的观点来证明自己的结论，这就导致一种事实上（de facto）的先例约束力存在，虽然这种约束力并不非常严格。有学者认为，尽管目前报告对于以后案例的法律效力仍未明确，但按照《条约法公约》第31条第3款，报告中的法律解释部分在条约适用上构成了确立各成员行为一致的后续实践（subsequent practice），对于WTO来说也具有重要的意义。由于这种事实上的先例约束力的存在，一个对不违法之诉肯定的先例就可能鼓励和引发更多的申诉和类似的裁决结果，专家组具有的立法者和法官的双重地位就会进一步加强，其裁决可能对发展中国家构成更多的压力。这样，专家组的开放解释有可能具有替代发展中国家国内立法的效果，即发达国家可能通过不违法之诉间接地将他们自己的标准强加于发展中国家，导致国际法绕过国内法间接适用。毫无疑问，这对于在经济、法律方面尚欠发展的发展中国家来说是一种潜在的危险，也为发达国家滥用不违法之诉准备了必要条件。因此，发展中国家才会在TRIPS协议中要求禁止不违法之诉的适用并最终获得了成功。而在竞争法方面，由于经济、法律发展水平的限制，目前很多发展中国家在竞争法的立法和司法方面都存在缺陷，有些国家根本没有竞争法，发达国家可以将此解释为贸易壁垒，在WTO中通过不违法之诉强迫发展中国家在这方面承担更多的义务，这对发展中国家来说显然超越了其经济发展水平要求，可能导致双方之间的矛盾进一步升级。这种倾向进一步加剧可能会导致WTO漠视发展中国家成员权利和义务的平衡及他们的主权观念和权利，各成员出于维护国内利益的需要可能转而抵制WTO，导致WTO出现危机。