寄生关系：一种种群对另一种群的直接侵入，寄生者从寄主生活细胞或生活组织获得营养并莱以生存，而对寄主产生不利影响。例如噬菌体与细菌之间的关系。
捕食关系：一种微生物种群被另一种微生物种群完全吞食，捕食者种群从被食者种群得到营养，而对被食者产生不利影响。例如土壤中的原生动物与其它微生物之间的关系。
为什么说土壤是微生物第一大天然培养基：
自然界中，土壤是微生物生活最适宜的环境，它具有微生物所需要的一切营养物质和微生物进行生长繁殖及生命活动的各种条件。土壤中的有机物为微生物提供了良好的碳源、氮源和能源；土壤中的矿质元素的含量也适于微生物的发育；土壤中水分虽然变化较大，但基本上都可以满足微生物需要；土壤的酸碱度接近中性，缓冲性较强，适合大多数微生物生扎根；土壤的渗透压大都不超过微生物的渗透压；土壤空隙中充满着空气和水分，为好氧和厌氧微生物的生长提供了良好的环境。此外，土壤的保温性能好。这些都为微生物生长繁殖提供了有利的条件。所以土壤有“微生物天然培养基”之称，是人类最丰富的“菌种资源库。”
第十二章  微生物的进化、系统发育和分类鉴定
模式菌株：按照命名法规的要求，当命名一个新种（或亚种）时，需要指定一个菌株作为这个种（或亚种）的命名模式，这个被指定的菌株称为模式菌株。
种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其他类群的菌株有明显的区别。
微生物学名命名原则：
1）属名  属名用一个单数主格名词或当做名词用的形容词表示，可以是阳性，阴性或中性，首字母要大写。
  亚属分类单元的命名和属名相同
2）    细菌的种名和其他生物一样也用双明法，即种名的学名有属名和种名加词两部分组成。
第一个词为属名，首字母要大写；第二个词为种名加词，常用形容词（要与属名性别一致）也可用人名、地名或其他名词（名词用主格或所属格形式），种名加词首字母不大写
当繁殖某一属细菌而不特指该属中任何一个种（或为定名）时，可在书名后加sp.或spp
3）亚种名  亚种名为三元组合，即由属名、种名加词和亚种名加词构成
微生物的分类依据：
一、形态学和生理生化特征
二、血清学试验与噬菌体分型
三、氨基酸顺序和蛋白质分析
四、核算的碱基组成和分子杂交
五、遗传重组
六、微生物鉴定
传统的、现代的微生物鉴定基本方法：
传统分类鉴定常用的表型特征及抗原特征
    群体生长（培养）特征：最重要的是菌落特征
形态学   个体形态特征：性状、大小、排列、特殊细胞结构及内含物
特征     革兰氏及抗酸性染色、运动性等
         营养类型、对碳、氮源的利用，对生长因素的需要    作为鉴定和
生理     需O2性，对温度、ＰＨ、盐浓度的适应性，对抗菌剂敏感性　　表型分类的
生化　　　特殊的代谢产物    主要依据
特征　　　产生某些酶，如氧化酶、过氧化氢酶等    也作为系统
与宿主的关系：寄生、共生、致病性　　　　　　　　　　　分类的参考特征
抗原特征——血清学反应，主要用于种内血清型的划分，在医学上有重要意义。
对噬菌体敏感性——噬菌体裂解试验，主要用于种内噬菌体分型，鉴定中应用相对较少。
现代分类鉴定常用的遗传型特征
特征    测定方法    分类学意义
ＤＮＡ碱基组成（Ｇ＋Ｃ）mol%    常用：热变性温度法和浮力密度法    亲缘关系近的生物Ｇ＋Ｃ含量应相似，作为建立分类单元的基本特征，把Ｇ＋Ｃ含量差别大的成员排除分类单元之外
核酸杂交
DNA-DNA
DNA-RNA
核酸探针    常用：固相杂交法
      复性速率法
类似DNA-DNA杂交测定
菌落原位杂交
荧光原位杂交（FISH）    主要用于种属水平的分类鉴定，通常认为同源性70%以上为同种，同源性在20%-30%以上为同一属
主要用于亲缘关系较远（属和属以上）分类单元的分类鉴定
根据探针的特异性，可用于不同等级分类单元或菌株的分类鉴定
遗传重组    通过转化、转导或接合试验    发生同源重组说明亲缘关系密切，但若不发生则无定论
蛋白质：氨基酸顺序    蛋白质序列测定    主要用于系统发育研究，同源程度越高亲缘关系越近。由于测序和资料比较分析较困难，目前微生物资料有限
指纹图    电泳图谱分析    蛋白质指纹相似、亲缘关系近
核算作为进化的指征和方法：
原因：
①rRNA参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中，其功能保持不变
②在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又含有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适合于进化距离不同各类生物的亲缘关系的研究
③16SrRNA相对分子质量大小适中，便于序列分析，含有足以广泛比较各类生物的信息量，加上rRNA在细胞中含量大，也易于提取
④16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中
序列测定方法：
A寡核苷酸编目分析法
做法：将纯化的16SrRNA用核糖核酸酶处理，水解成片段，并用同位素体外标记，然后用双向电泳层析法，分离这些；片段，用放射自显影技术确定不同长度的寡核苷酸斑点在电泳图谱中的位置，根据寡核苷酸在图谱中的位置，小片段的寡核苷酸分子序列即可确定。对于不能确定序列的较大片段核苷酸，还需把斑点切下，再用不同 核糖核酸酶水解进行二级分析，有的可能还要进行三级分析，直至弄清所有片段的序列为止，在此基础上，对6个或更多核苷酸的片段按不同长度进行编目。将所有要比较的微生物的序列目录编好后，即可对这些序列目录资料进行分析比较采用相似系数法和序列印迹法比较各微生物之间的亲缘关系