Dos rebeldes, cerca de 2 mil estavam espalhados por toda a região nordeste do Maranhão, entre Brejo e Tutóia; em Pastos Bons havia também o mesmo número; nas proximidades de Caxias existiam também alguns bandos. Eles não tinham acampamento fixo e atacavam os locais fracamente defendidos. Ao todo eram mais de 6 mil. Convinha ter sempre as vilas bem guarnecidas, em particular nas regiões de Tutóia, Icatu, Rosário, Itapicuru-Mirim, Caxias, Anajatuba e São Luís, bem como no vale do rio Parnaíba, desde Brejo até Pastos Bons.

Com as tropas bem dispostas, o Coronel Lima e Silva procurou operar em toda a Província, iniciando a campanha pela comarca de Brejo, utilizando com freqüência o envolvimento e a técnica atualmente conhecida como martelo e bigorna.

O governo funcionava normalmente. Confiante nos auxiliares diretos, começou o Presidente a sair da capital e a dirigir por vezes pessoalmente as operações contra os rebeldes. Contudo, não se descuidava de suas obrigações em São Luís e retornava para tomar as decisões governamentais que exigissem sua presença.

Lima e Silva soube enfrentar com paciência todas as dificuldades materiais da tropa. Aos poucos foram se rarefazendo os efetivos de Raimundo Gomes.

A notícia da maioridade de D. Pedro II chegava à Província a 23 de agosto de 1840 e Lima e Silva soube explorá-la em favor da integração nacional, divulgando nova proclamação:

"Maranhenses! Uma nova época abriu-se aos destinos da grande família brasileira. Sua Majestade o Imperador (...) assumiu os direitos que pela Constituição do Estado lhe competem. Declarado maior, ei-lo enfim como símbolo de paz, de união e de justiça, colocado à frente da Nação que o reclamava. (...) Maranhenses! Um sublime pensamento deve agora inflamar o coração brasileiro, (é) o respeito às leis e o esquecimento de vergonhosas intrigas que só tem servido para enfraquecer-vos; um só partido, enfim, o do Imperador."

Prosseguindo na missão, tratou de agir diplomaticamente. Entrou na fase das concessões, para dar oportunidade aos que quisessem recuperar-se. Usou o nome do monarca, empenhou a Igreja e ofereceu garantias aos arrependidos. Esse tipo de conduta, no entanto, não foi suficiente para dominar, de uma vez por todas, as forças rebeldes. Em certos casos era impossível apelar para a compreensão. Era preciso empregar a força contra os que não cedessem a métodos suasórios.

Raimundo Gomes, o chefe revoltoso, acabou rendendo-se a 15 de janeiro de 1841 e faleceu em viagem para São Paulo. D. Pedro II decretara a anistia (22 de agosto de 1840) a 2.500 rebeldes que depuseram as armas.

Cosme, chefe dos escravos sem feitores, assumiu a direção do movimento, mas foi surpreendido em Tocanguira, sendo preso, julgado e enforcado em setembro de 1842.

Luís Alves de Lima e Silva, como Presidente da Província e Comandante das Armas, anunciou a pacificação em 19 de janeiro de 1841, o que vinha a representar mais uma participação das forças terrestres na manutenção da unidade nacional.

Governo do Coronel Luís Alves.

Durante o período de pacificação o Presidente conduziu os destinos do Maranhão com prudência e habilidade. Conquistou o respeito e a estima de todos devido à austeridade de seus hábitos e à dignidade de suas ações, aliados a sua mentalidade religiosa. Era franco, liberal, conciliador e previdente; procurava sempre adotar a medida mais adequada para a situação, ou seja, energia para os que dela necessitavam, complacência e compreensão para os recuperáveis.

Após a ação pacificadora passou o governo ao Dr. João Antônio de Miranda, já que sua missão estava finda. Foi promovido a brigadeiro em 18 de julho de 1841 e, a 31 do mesmo mês, agraciado com o título de Barão de Caxias.