Caxias foi retomada a to de setembro pelas forças legais sob o comando do Tenente-Coronel José Dias Carneiro, mas Balaio investiu novamente sobre a cidade em 9 de outubro, com 2 mil homens, ocupando-a por algumas horas, quando recebeu um tiro do francês Isidoro, ali residente, vindo a morrer em conseqüência de gangrena no ferimento.
Com a desocupação de Caxias, os rebeldes se espalharam, levando a desordem a outros lugares do Maranhão. Aderira ao movimento o preto Cosme, evadido da cadeia de São Luís, que passou a se chamar D. Cosme Bento das Chagas, seguido de uma multidão de escravos que arregimentara. Intitulava-se "tutor e imperador das liberdades bentevis", em nome das quais cometeu incríveis crueldades.
Nomeação do Coronel Luís Alves de
A situação continuava grave. Estavam ameaçadas a capital maranhense e as localidades próximas. A pequena força naval sob o comando do Capitão-de-Fragata Joaquim Marques Lisboa procurou agir contra os rebeldes. Em 2 de novembro, 160 homens comandados pelo Tenente-Coronel Luís Antônio Favilla, com a cooperação da força naval do Primeiro-Tenente Jesuíno Lamego Costa, tomaram de assalto a vila de Icatu, às margens do rio Munim.
Face à evolução da situação sentiu o governo imperial a conveniência de confiar a uma só pessoa a Presidência da Província e o comando das Armas, tendo a escolha recaído no Coronel Luís Alves de Lima e Silva, que havia nove anos comandava o Corpo de Guardas Municipais Permanentes na Corte. A Carta Imperial de nomeação recebeu a data de 12 de dezembro de 1839. No dia 27, Luís Alves embarcava no navio São Sebastião, no
Primeira proclamação aos maranhenses.
A missão de Luís Alves de Lima e Silva era a de pacificar o Maranhão, tendo-lhe sido concedida autorização de penetrar no Piauí e no Ceará, se necessário, ficando sob suas ordens todas as forças operantes nessas Províncias.
O Coronel Lima e Silva chegou ao Maranhão em 4 de fevereiro e tomou posse três dias depois, em meio a contentamento geral. Dirigiu então de São Luís uma proclamação a toda a Província:
"Maranhenses! Nomeado Presidente e Comandante das Armas desta Província, por Carta Imperial de 12 de dezembro de 1839, eu venho partilhar das vossas fadigas e concorrer quanto em mim couber para a inteira e completa pacificação desta bela parte do Império. Um punhado de facciosos, ávidos de pilhagem, pôde encher de consternação, de luto e sangue vossas cidades e vilas! O terror que necessariamente deviam infundir-vos esses bandidos concorreu para que engrossassem suas hordas; contudo, graças à Providência, as vitórias até hoje alcançadas pelos nossos bravos, seu número começa a diminuir diante das nossas armas. Mais um esforço e a desejada paz virá curar os males da guerra civil. Qualquer que seja o estado em que se achem hoje os rebeldes, eu espero com os socorros que o governo geral vos envia e com a força que me acompanha, fortificar nossas fileiras e não abandonar-vos enquanto os não houver debelado (...) Maranhenses! Mais militar que político, eu quero até ignorar os nomes dos partidos que por desgraça entre vós existam (...) e, confiando na Divina Providência que por tantas vezes nos tem salvado, espero achar em vós tudo o que for mister para triunfo da nossa santa causa"
Pacificação.
O Coronel Luís Alves obteve logo a confiança das facções
Caxias organizou hospitais e nomeou médicos, cirurgiões e capelães para todos os acampamentos. Restaurou a disciplina e o moral das forças legalistas. Como Presidente da Província, favoreceu a lavoura e procurou incrementar as trocas comerciais da capital com o interior.
