北京大学政府管理学院区域经济学专业始于1952年院系调整时期北大建立的经济地理学教研室，历史悠久。在全国最早招收区域经济学硕士与博士研究生，并设立博士后流动站。
本专业形成了以杨开忠教授为首，来自国内外著名大学、不同学科毕业的7名青年博士所组成的学术队伍，其中6名教师招收硕士研究生（分别为杨开忠博士、李国平博士、沈体雁博士、陆军博士、薛领博士、刘明兴博士）。国际区域科学奠基人、美国科学院院士W. Isard（艾萨德）,世界著名空间经济学家、日本京都大学教授M. Fujita（藤田）,以及中国工程院院士李京文教授为本专业的兼职教授。

本专业在全国率先开展空间复杂系统研究、新经济地理学研究等。在研究方法上强调经济学、地理学与管理学等多学科理论和方法的结合，空间形态与过程分析相结合，宏观和微观分析相结合，以及计算机、遥感和地理信息系统等高新技术手段的运用，注重在解决国家面临的重大问题中发展区域经济学的理论和方法。国家一级学会——中国区域科学协会以及北大中国区域经济研究中心均挂靠本专业点。北京大学首都发展研究院的核心成员也主要依托于本专业点。同时本专业点作为联系国际区域科学的桥梁，和本专业领域的世界一流学者交流广泛。近年来承接几十项国际合作、国家基金重点与一般课题、其它科研及战略咨询项目，在国内外学术杂志上发表上百篇论文。多项科研成果获得国家以及省部级奖励或得到采纳，如1996年获得国家科技进步二等奖1项，2001年获得北京市科技进步二等奖1项，2002年获得北京市科技奖三等奖2项。成功举办了两次发展中国家区域科学国际会议，每年邀请国际著名学者举办一次区域经济学前沿高级讲座。并从今年起，受国家教育部委托，将每年举办“全国区域经济学教师培训”。

本专业硕士研究生设有城市与区域经济、区域分析与规划和经济地理三个研究方向。城市与区域经济方向主要研究城市与区域经济学理论、方法及应用，主要包括区域宏观经济理论与方法、区域微观经济理论与方法、区域政府经济理论与方法、经济发展规划与管理、旅游规划、城市土地利用、房地产开发与管理等。区域分析与规划方向强调区域经济学与GIS、系统工程、人工智能等理论和方法相结合，探讨城市和区域系统分析的各种定量方法和计算机模拟技术，包括评估、预测、决策、优化等，重视用虚拟实验的手段研究和分析城市和区域的内在机制和演化历程。经济地理方向主要研究经济地理理论与方法，主要包括企业区位理论、产业转移理论、新产业空间和创新体系理论与方法、产业集群理论等。