概括而言，GSP规范中的内容通过软件来实现的核心功能主要有：　　对药品批准文号（简称批号）的全程跟踪管理。同一型号的药品，由于要对药效期进行管理，都须向质量监督部门报批，通过质量检查之后才能获得批号，批号对应的是药品有效期等信息。每个药品的批号都是唯一的，因而只要查询批号，就可以确定药品生产厂家和通过质量检验的日期等信息。
　　从采购入库、库存管理到售后追踪的信息，都是GSP要求企业记录的管理信息。比如首营产品要有全面的审核，所有产品都要对批号、有效期等进行管理，销售出去以后还要记录销售流向；采购入库时要进行质量验收，销售出库时要进行出库复核；在库存管理的养护期之内，要对仓库的温度、湿度等养护条件信息进行全程记录。销售出去以后，假设有退药，必须对药品的批次等信息进行核对，才能确定是不是自己销售的药品，退货回来以后还要进行质量检验。又比如，GSP要求药品采购的时候，对于药品的很多因素要求很严格，如质量、包装等，否则就无法进入流通渠道备管理、特殊药品管理、即将过期药品的停销催销、质量反馈等等.此外，由于需要对生产厂家等诸多信息进行记录和跟踪，因此GSP物流软件比普通商业物流的表单设计要多出很多条目。
　　严密监控物流
　　传统医药流通业在管理上的一大难题就是跑冒滴漏现象严重。对于医药流通企业而言，管控好物流等于成功了一半。通过在物流系统中精心设置信息流转程序和控制点，这些控制点就好比一个个关卡，使得各财务、业务之间的信息按管理需求流转，并且因为控制点之间的内在关联机制，大幅度提升医药流通企业的财务管理和业务管理水平。
　　针对湖北春天医药有限公司前期信息化状况和存在的问题，新的物流系统的主要设计思路是，加强对物流环节上的每一个关键点的控制，从而保证数据在传递过程中的正确性。“实际上，GSP本身是一个规范，谁做都区别不大。因此，目前各种医药流通解决方案，主要区别还是体现在对物流管理和控制的功能。”这样，通过打通业务流转的关键节点，明确了职责岗位目标，彻底改变了以往互相推诿、职责权限不清的管理状况。
　　以前的物流系统由于开发较早，先于政府部门开始推广GSP认证的时间，操作上虽然比较简便，自发货到结算，中间都是一张单据贯穿始终，一旦单据中间流失，财务部门的数据就无法与业务部门的数据完全一致，企业极容易坠入账实不符的泥潭。更要命的是，财务部门无法对过程加以控制，使得问题往往无法得到预防和及时遏制。尤其是对那些结算周期比长的货物，就可能由于单据的遗失而造成一笔糊涂账。
　　李佳的那次“被催账”的经历，最能说明这种关键点的作用：在新的物流系统中，采购部对每批购进的药品出具入库通知单，质量检验部出具质量验收单，仓库做收货单。仓库和财务之间的数据相互关联，财务部每天下午都要汇总当天的各种物流单据信息，通过系统直接查询单据的发生情况，并通过系统自动生成凭证。如果缺少哪张单据，通过系统很快就能查到那张单据卡在哪个环节。实物入库与财务入库完全同步，使得财务部对每批进货的应付款情况随时掌握并且可控。
　　这些关卡的设置，不仅迅速杜绝了信息流转受阻导致的管理漏洞，而且使得财务部门对于公司的应收应付款、库存、资金周转率等财务风险的分析和预防，完全建立在真实及时的数据基础之上。
　　李佳认为，对于涉及到资金往来的业务，系统的安全性和管理性很重要。金蝶这套系统在访问、修改等权限的设置方面有很细的划分，每一个权限都可以单独设置，这对用户而言十分方便。
　　对于新旧物流系统之间的区别，湖北春天医药有限公司管理信息中心的陈滨同样深有感触：“K3物流系统对表单和过程控制进行了细分，比如销售通知单和正常的发货单、收货单，通知单主要告知数量信息，经销商凭借通知单到仓库核对实际数量，然后到财务部门结算，最后才能取货。各个环节结合得比较紧密，不能跳过任何环节，这样，一旦某个环节发生错误，可以通过各种方式很快查到。”
　　远离信息陷阱
　　医药行业的特征之一就是，医药的品种特别多，作为一个商业性的医药组织，一般至少有几千个品种，如果再加上GSP所要求的批次管理等信息，动辄就是上万条信息。这当中稍有不慎，就可能掉入信息陷阱。
　　2003年11月，新系统开始投入实际运作。为保险起见，并没有立刻丢掉旧的物流系统，而是拿旧系统做备份，新旧两个系统并行。这就要求在制作每张单据的时候，两边都要输入数据。操作人员、开票人员、仓库管理人员，每天都要加班熬夜。亓培实说，那个阶段非常痛苦。“因为要把原有的系统完全抛弃掉，工作量比我们想象的要大得多。”
　　他坦承，这当中也走了很多弯路，回过头看，其中有些经验还是很可取的。其中，编码方案的确定是很重要的一点。“我们当时频繁开会，专门讨论确定编码放方案。”首先，编码信息量非常大。医药行业的特征之一就是，医药的品种特别多，作为一个商业性的医药组织，一般至少有上万个品种，如果再加上GSP所要求的批次管理等信息，动辄就是几万条信息。编码的思路和设计方案，无疑将直接决定整个物流管理的准确性。其次，编码一般都是由企业根据自身的生产经营特点来确定。确定编码规则时，要兼顾未来发展的需要，如果编码太过规范，很可能会影响效率，将来一旦需要修改会很费劲。第三，统一药品编码规则。一是与医院的编码规则相统一，因为医院按要求有专门的标准的编码规则，为此，春天公司专门针对医院的编码规则做了很多沟通，力求两边达到一致。二是在生产领域，由于GMP对药品编码有要求，作为一家生产和流通并举的企业，从编码方案上尽可能兼顾各项业务，确保一致性。