但是分支机构所在国按照税收管辖权收入来源地原则，对该分支机构的所得已征收了所得税，这就发生了对同一所得的国际双重征税问题。
　　
　　为了避免和其他国家就同一纳税义务人的同一所得重复征税，《外商投资企业和外国企业所得税法》中国对实行税收抵免作出了以下规定：

　　一是合营企业及其分支机构，在中国境内的所得，已在国外交纳的所得税，可以持纳税凭证在总机构应纳所得税额内抵免；但抵免额不得超过国外所得额按照中国税法规定税率计算的应纳税额。

　　二是中国政府和外国政府之间订有避免双重征税协定的，所得税的抵免，应当依照该协定的规定办理。