1、企业应如实填写《大型高新技术企业适用便捷通关程序备案审批表》一式5份，并由企业法定代表人或其授权的代表签字后加盖企业公章。
    2、企业向其所在省、自治区、直辖市或计划单列市外经贸委（厅、局）报请核定企业申请条件，负责核定的外经贸委（厅、局）应在10个工作日内完成核定工作，批准时应在一式5份《大型高新技术企业适用便捷通关程序备案审批表》相应栏中加盖公章。
     3、企业向其主管地直属海关报请核准所适用的通关便捷程序，负责核准的主管直属海关应在10个工作日内完成核准工作，批准时应在一式5份《大型高新技术企业适用便捷通关程序备案审批表》相应栏中加盖公章。同时加盖有外经贸委（厅、局）和直属海关公章的《大型高新技术企业适用便捷通关程序备案审批表》1份发给企业，2份分别报送海关总署和外经贸部，2份分别由外经贸委（厅、局）和直属海关存档。
     4、企业与主管直属海关签订一份《适用便捷通关程序责任担保书》（以下简称《责任担保书》）。《责任担保书》由海关总署规定统一格式及基本内容，并可按海关监管或企业经营的特殊需要补充具体的规定。《责任担保书》一式5份，责任双方各1份，2份报海关总署和外经贸部备案，1份存档。
5、直属海关负责将同时加盖有外经贸委（厅、局）和直属海关公章的《大型高新技术企业适用便捷通关程序备案审批表》连同责任3方签订的《责任担保书》复印件1份分别报送海关总署、外经贸部备案。海关总署、外经贸部对《大型高新技术企业适用便捷通关程序备案审批表》及《总担保书》如有异议，应在收到《大型高新技术企业适用便捷通关程序备案审批表》及《责任担保书》后10天内要求直属海关延期实施或撤消《大型高新技术企业适用便捷通关程序备案审批表》，或者修改《责任担保书》。逾期没有提出异议，《大型高新技术企业适用便捷通关程序备案审批表》及《总担保书》即予生效。
6、《大型高新技术企业适用便捷通关程序备案审批表》及《责任担保书》生效之日，企业办理进出口货物报关手续，可直接按便捷通关程序的具体规定及《责任担保书》的特殊约定适用相应的便捷通关程序。企业发生影响《大型高新技术企业适用便捷通关程序备案审批表》及《责任担保书》的重大变更或变化情况，应及时报告主管直属海关和主管外经贸委（厅、局）。