便捷通关企业可应用中国电子口岸平台自理报关，在企业办公地点直接向进出口地或主管地海关自行办理正式报关手续，企业一次输入所有通关数据，各进出境管理部门之间数据联网传输，海关审核报关单电子数据后发送电子回执，由企业自行派人或委托代理人在货物通关现场向海关办理交单审核及货物验放手续。有条件的海关还可实行与指定银行联网电子划款交纳税费，海关向企业发出电子缴款通知后，验凭银行转账电子回执验放货物。
在预录入及联网申报环节，海关通关系统不再对报关单进行舱单强制检查和退单，即对于有舱单号但海关无舱单电子数据的报关单，允许继续完成预录入并向海关正常申报，允许其进口货物报关单填报时“运输工具名称”及“提运单号”两栏目为空，事后补办舱单核销手续。
在审单环节，若企业申报的舱单在海关的舱单库中无记录，则先不进行核注。