科学研究机构和大专以上全日制高等院校（包括国家认可的技术中心、工程研究中心、国家重点实验室及国家工程技术研究中心）办理进口设备减免税手续，程序分二步：一、减免税资格认定；二、设备进口前申请办理减免税证明。
　　一、申请单位减免税资格认定 
　　申请单位应向海关提供以下单证： 
　　①国家认可科研机构或学校的有关文件； 
　　②非企业法人提供法人登记证或机构代码证（复印件）； 
　　上述文件经海关审核认可后，发给申请单位“科教用品免税登记手册”（一式二本，一本海关留存，一本由申请单位保留存查）。 
　　二、申办《进出口货物征免税证明》 
　　办结资格认定后，申请单位可持进出口合同等相关单证，填写《进出口货物征免税申请表》，经海关审核认可后，申请人交预录入部门录入生成《海关进出口货物减免税审批表》，海关经三（四）级审批后，签发《进出口货物征免税证明》。 
　　三、办理《进出口货物征免税证明》必需提供的单证： 
　　①《进出口货物征免税证明申请表》 
　　②进口合同及设备清单； 
　　③发票及装箱清单； 
　　④海关认为需要提供的其他资料。（如税则归类所需进口设备的产品说明） 
　　四、填写《进出口货物征免税证明申请表》,详见填写说明。 
　　注意事项： 
　　1. 申请企业提供的文件、单证必须真实、合法、有效，否则将承担由此造成的法律后果。 
　　2.填写的“申请表”交由预录入部门录入打印后，需仔细校对，确保无误。任何数据错误，都将导致《进出口货物征免税证明》在报关时无法使用。