《中国大学评价》课题组还评出了15所2006年中国一流大学。2006年中国一流大学名单和数量与上年完全相同,区别在于:北京大学医学从第二名上升到第一名,中国协和医科大学医学由第一名降为第二名;清华大学管理学从第三名上升到第二名,浙江大学管理学由第二名降为第三名;天津大学工学从第六名上升为第五名,华中科技大学工学由第五名降为第六名。从历年的数据分析,中国协和医科大学一旦失去医学第一名,就很难逆转。
《中国大学评价》课题组还评出了36所2006年中国研究型大学。中国地质大学首次进入研究型大学,不过,由于中国地质大学已经分别在武汉、北京两地以中国地质大学(北京)、中国地质大学(武汉)两个校名分别单独办学,各类资源设施等也将陆续分开,故此次进入研究型大学实际是对过去几十年办学效果的总结。两校完全分开后,无论是中国地质大学(北京)还是中国地质大学(武汉)都很难再进入研究型大学。
与上年相比,贵州大学(与贵州工业大学合并)、成都理工大学、江南大学、中国药科大学、河北工业大学、华北电力大学等6校进入中国大学前100名,其中贵州大学、江南大学、中国药科大学、河北工业大学、华北电力大学等5校是211工程大学。
《中国大学评价》课题组同时完成了理学、工学、农学、医学、哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、管理学等11个学科门类的排名。清华大学获得工学第一名,北京大学获得理学、医学、哲学、法学、文学第一名,中国农业大学获得农学第一名,中国人民大学获得经济学第一名,北京师范大学获得教育学、历史学第一名,西安交通大学获得管理学第一名。