1、杂交频率高
2、受接合型或致育性限制较少，但与亲缘性有一定关系。
3、遗传物质传递更完整。 
4、存在两株以上亲株同时参与融合可能。
5、可以采用产量性状较高菌株作融合亲株。
6、提高生产性状的潜力较大。
7、原生质体较容易进行转化，可用于工业微生物育种工作
二、主要步骤
1、原生质体制备：
作为育种菌株须：①具有良好生产性状②具有一些稳定的明显的遗传标记。
一般采用双标记，避免回复突变干扰。离心收集对数后期菌体，破壁。原生质体低渗中易破裂，使用渗透压稳定剂进行保护。（甘露醇、山梨醇、蔗糖、氯化钾、氯化钠等）
离心收集原生质体。
2、原生质体融合：
加入促融合剂-聚乙二醇（PEG）及Ca2+、Mg2+，使原生质体表面形成电极性，相互易于吸引，形成聚集物。UV、电场、激光等技术可应用。
3、再生成正常细胞：
融合后的原生质体不具细胞壁，不能在普通培养基上增殖，无法表现，必须使其重新形成壁。再生培养基必须具有与原生质体体内相同渗透压，常用含Ca2+、Mg2+及渗透压稳定剂的完全培养基。
检出融合细胞。
外源基因命运
1、具备复制的必要因子，能在受体细胞中坚持下去并进行复制，发展成部分二倍体无性系。 
2、流产转导。
3、被酶解-寄主限制。
4、重组。
二、真核微生物基因重组
（一）有性杂交
一般指性细胞间的接合和随之发生染色体重组，并产生新遗传型后代的一种方式。
常见有性孢子。
（二）准性生殖parasexual reproduction
类似于有性生殖但更为原始的一种生殖方式。可使同一生物的两个不同来源的体细胞经融合后，不通过减数分裂而导致低频率的基因重组。
主要过程：图8-37
1、菌丝联结、质配。
2、形成异核体。
3、核配。
4、体细胞交换和单倍体化。
体细胞中染色体交换-有丝分裂交换：双倍体杂合子遗传性状不稳定，进行有丝分裂过程中，极少数核中染色体会发生交换和单倍体化，而形成具有新性状的单倍体杂合子。
有性生殖与准性生殖区别：表8-12
准性杂交
主要步骤：图8-38
1、选择亲本：要有选择性标记。
2、强制形成异核体。
3、移单菌落。
4、检验稳定性。
5、促进变异。然后筛选。
归纳总结：表8-10
基因工程 gene engineering
5节：菌种衰退、复壮和保藏
一、衰退与复壮
对产量性状而言，菌种的负变就是衰退，其他原有典型性状变得不典型了，也是衰退。
一个重要原因是基因突变，与控制生产性状有关的基因负变造成生产性状劣化。培养、保藏条件等也有影响。
（一）衰退的防止
1、控制传代次数；
2、创造适宜的培养条件；
3、利用不同类型细胞进行接种传代；
4、采用有效的菌种保藏方法，加强菌种管理措施。
（二）复壮
1、纯种分离 
2、通过宿主体进行复壮（寄生性微生物）
3、淘汰已退化个体
二、菌种保藏
首先挑选典型优良纯种，其次创造一个有利于休眠的环境条件，还要考虑方法的通用性与简便性。
1、低温保藏：冰箱、超低温。
2、干燥保藏：土壤、细砂、硅胶等。
3、隔绝空气保藏：石蜡油封。
4、冻干保藏：综合低温、干燥、真空。
5、活体保藏：病原微生物、病毒。
实验室常用方法：
菌种保藏机构简介
中国微生物菌种保藏管理委员会CCCCM
1、普通微生物菌种保藏管理中心
中科院北微所（AS）：真菌、细菌
武汉病毒所（AS-IV）：病毒
2、农业微生物菌种
农科院土肥所（ISF）
3、工业微生物菌种
食品发酵所（IFFI）
4、医学微生物菌种
医科院皮研所（ID）：真菌
卫生部检定所（NICPBP）：细菌
医科院病毒所（IV）：病毒
5、抗生素菌种
医科院医药生物技术所（IA）
四川抗研所（SIA）：新抗菌种
华药抗研所（IANP）：生产菌种
6、兽医微生物菌种
农业部兽医药品监察所（CIVBP）
中国典型培养物收藏中心（武汉大学）
国外
美国典型菌种收藏所（ATCC）
美国农业部北方地区研究室（NRRL）
日本大阪发酵研究所（IFO）
荷兰真菌中心收藏所（CBS）
法国里昂巴斯德研究所（IPL）
西德柯赫研究所（RKI）
苏联科学院微生物研究所（IM）
六章：微生物生态与环境保护
（自然条件下的微生物）
生物圈 biosphere 
：地球上有生命活动的范围，是地球上全部生活有机体与其环境相互作用的统一整体。是所有生态系统的总和。 
微生物生态：研究处于环境之中的微生物，和与微生物相联系的物理、化学和生物等环境条件，以及它们之间的关系。
生态系 ecosystem ：生物与其生境通过能量流动和物质循环所组成的一个整体结构。生物群落是核心。
1节：自然界中的微生物
一、土壤中微生物
土壤是自然界最适宜微生物生长的环境，具有微生物所需一切营养物及各种条件。种类主要是异养型种类。
二、水中微生物
种类和数量要比土壤中少得多。
淡水中微生物主要来源于土壤、空气、污水或死亡腐败的动植物体。海水中微生物总量超过陆地。
饮用水标准：每ml水细菌总数不超过100个，E. coli每升水不超过3个。
三、空气中微生物
空气非微生物生长良好环境。微生物通过各种方式传入空气，又随风传播。
数量取决于环境。
潮湿空气中微生物比干燥空气中少，因为潮湿空气中微生物被小水滴带着沉降下去了。
空气中菌数测定：过滤收集，培养计数。
四、极端环境微生物
了解这些微生物，可以利用其特殊基因、机能，创造有用新种。