学校位于上海市东北部文教区，占地1650余亩，建筑面积67.7万余平方米，是一所培养临床医学、卫生事业管理学、麻醉学、药学、护理学专门人才及卫生管理干部的重点高等医科大学。
学校现设训练部、政治部、校务部、科研部、研究生院四部一院机关，下辖基础部、海军医学系、药学系、卫生勤务学系、护理学系、外训系、学员旅、研究生管理大队、南京军医学院和3三所附属医院，共有教职员工一万余人。
现设临床医学、海军临床医学、药学、麻醉学、护理学、军队卫生事业管理学、医学检验、放射技术、医学实验技术等9个专业，拥有博士学位授权学科40个，硕士学位授权学科53个，博士后流动站5个。学校于1997年10月进入国家“211工程”重点院校建设行列。
现有在职高级专业技术职务人员630名，中科院院士2名，国务院学位委员会学科评议组成员3人，博士生导师142名，硕士生导师456名，235人享受政府特殊津贴，28人在国际学术机构担任副理事以上职务，著名肝胆外科专家、中科院院士吴孟超教授，1996年被中央军委授予“模范医学专家”称号。长海、长征两所附属医院于1993年首批被评定为三级甲等医院，东方肝胆外科医院于1996年被评为三级甲等专科医院。
学校现有肝胆外科等国家重点建设学科，航海医学等军队重点建设学科，肝胆肿瘤、免疫与基因治疗、神经生理、分子毒理、心脏外科、细胞生物信号传导等6个军队医学专业重点实验室，肝胆外科学、骨科学、烧伤外科学、神经外科学、胸心外科学等5个上海市医学领先专业重点学科。
1978年以来，共获军队、省市、部委级以上科技成果奖近1440项，在全国医科院校中名列前茅。仪器设备拥有磁共振、CT系统、PET单光发射计算机断层扫描（ECT）、直线加速器、透射式电子显微镜、原子吸收分光光度计、激光活性细胞分析仪、全自动生化仪等现代化教学、医疗、科研仪器设备18000余台（件）。