南京医科大学药理学科是学校的传统优势学科，从1988年起本学科连续被遴选为江苏省重点学科，2007年被遴选为国家重点学科。学科于1981 年成为硕士点，1986年成为博士点，并先后于2000年和2004年为学校申请获得神经生物学和细胞生物学硕士授权点。药理学科也是江苏省神经退行性疾病重点实验室和江苏省基因药物技术中心的依托学科，2003年经江苏省学位委员会批准本学科成为江苏省产学研联合培养研究生示范基地（南京医科大学新药创制与研究中心）。

从上世纪六十年代起，在刘天培教授、饶曼人教授等老一辈药理学家的带领下，在心血管药理学研究领域取得了一批令人瞩目的成就，多次获得教育部、卫生部和江苏省的科技奖励，为学科的持续发展积累了坚实的基础。从“八五”开始，张银娣教授最早在国内开展药物代谢酶基因多态性对相关药物药动学与药效学影响的研究，开拓了临床药理学的研究方向，研究成果获得多项省部级奖励；从“九五”后期起，学科进一步拓宽研究领域，在学科带头人胡刚教授的带领下，神经精神药理学研究方向成为该学科发展的新生长点，尤其在针对神经退行性疾病的神经损伤与保护的研究领域取得了显著的成绩，形成了鲜明的特色和优势。目前，学科的主要研究方向为神经精神药理学、临床药理学、心血管药理学、肿瘤药理学、免疫药理学等，每个研究方向目前均承担多项国家自然科学基金等项目的科研任务，近5年来，以第一完成单位在国际学术刊物发表SCI论文200多篇，发表论文的篇数及累计影响因子均名列全校第一；获得相关专利10多项，先后获得省部级科技奖励一等奖5项、二等奖2项、三等奖5项。长期以来，学科还积极为国内医药企业开展药理学、药效学、毒理学等新药研发工作，为促进我国医药产业的发展作出了突出贡献。

在立足国内实验室研究的基础上，药理学科积极开展国际学术合作与交流，与美国、加拿大、意大利、新加坡、香港等国家和地区的著名大学的实验室在科学研究与人才培养等方面建立了长期的合作关系，胡刚教授、杨俭教授分别以项目负责人申请并获得美国SMRI和NIH的国际合作项目。学科向来注重研究生的创新能力、综合素质和国际视野的培养，始终保持4-6名研究生在国外实验室实施联合培养，近五年已经与美国等国家联合培养毕业博士研究生9名。2002年获得我校迄今唯一的全国优秀博士学位论文奖，近三年内5人次获得江苏省优秀博士、硕士学位论文奖，3位研究生获得江苏省研究生创新工程项目，3位在职博士研究生获得国家自然科学基金项目的资助。

在学科丰厚底蕴的熏陶下，在实施学科建设的过程中，一批富有学术竞争力的骨干脱颖而出，形成了一支敬业精神和团队精神好的高素质年轻学术团队，为学科的可持续强劲发展积累了人才基础。学科现有教授7人，副教授4人，具有博士学位18人。其中，学科带头人胡刚教授是国家杰出青年科学基金获得者、江苏省中青年科技领军人才、教育部优秀青年教师资助计划和教育部高等学校骨干教师资助计划的获得者，受聘担任SCI刊物《Clin Exp Physiol Pharmacol》和《Acta Pharmacol Sin》的编委；王斌教授和李胜男教授分别被遴选为江苏省“333高层次人才培养工程”和江苏省“青蓝工程”学术带头人培养对象；胡刚和李胜男教授分别评定为江苏省“六大人才高峰”A和C类高层次人才培养对象。2005年药理学科被遴选为江苏省优秀学科梯队，“针对神经退行性病的神经保护研究”团队2006年被遴选为江苏省“青蓝工程”首批优秀科技创新团队，2007年获批成立江苏省神经退行性疾病重点实验室，并被遴选为国家重点学科。至此，药理学科已经形成了完善的学科发展体系：国家和省重点学科——省重点实验室——科技创新团队——各类学术带头人培养人选。
通过“九五”至今的江苏省重点学科和国家重点学科的建设，学科已积累了良好的实施研究生教育和开展高水平科学研究的硬件条件，为实施项目、积累成绩、再攀高峰提供了条件保障。