一级学科国家重点学科(9个)
力学，机械工程，仪器科学与技术，材料科学与工程，动力工程及工程热物理，控制科学与工程，计算机科学与技术，土木工程，管理科学与工程。
二级学科国家重点学科(6个)
光学，电机与电器，物理电子学，通信与信息系统，飞行器设计，环境工程。
工信部重点学科(16个)
化学工程与技术;管理科学与工程;力学;动力工程及工程热物理;电气工程;光学工程;仪器科学与技术;控制科学与工程;计算机科学与技术;基础数学;应用数学;凝聚态物理;光学;环境科学;微纳米科学与技术;医疗设备设计理论与技术。
学科排名
2013年教育部第三轮全国高校学科评估结果结果发布，哈尔滨工业大学共参评28个学科，其中16个学科排名全国前五，25个学科排名全国前十，力学并列第一。
| 序号 | 学科名称 | 排名 | 序号 | 学科名称 | 排名 |
| 1 | 力学 | 1 | 15 | 化学工程与技术 | 6 |
| 2 | 土木工程 | 2 | 16 | 城乡规划学 | 6 |
| 3 | 环境科学与工程 | 2 | 17 | 管理科学与工程 | 4 |
| 4 | 控制科学与工程 | 3 | 18 | 交通运输工程 | 6 |
| 5 | 材料科学与工程 | 3 | 19 | 信息与通信工程 | 5 |
| 6 | 仪器科学与技术 | 4 | 20 | 物理学 | 6 |
| 7 | 航空宇航科学与技术 | 4 | 21 | 设计学 | 7 |
| 8 | 计算机科学与技术 | 4 | 22 | 社会学 | 11 |
| 9 | 机械工程 | 4 | 23 | 风景园林学 | 7 |
| 10 | 光学工程 | 4 | 24 | 数学 | 10 |
| 11 | 建筑学 | 5 | 25 | 统计学 | 9 |
| 12 | 动力工程及工程热物理 | 5 | 26 | 工商管理 | 10 |
| 13 | 电气工程 | 5 | 27 | 哲学 | 12 |
| 14 | 软件工程 | 5 | 28 | 外国语言文学 | 11 |
