| 国家重点学科一览 | ||||
| 一级学科 | ||||
| 中国语言文学 | 数学 | 物理学 | 化学 | 天文学 |
| 地质学 | 生物学 | 计算机科学与技术学 | | |
| 二级学科 | ||||
| 马克思主义哲学 | 世界史 | 政治经济学 | 企业管理 | 英语语言文学 |
| 社会学 | 情报学 | 微电子与固体电子学 | 环境科学 | 材料物理与化学 |
| 气象学 | 自然地理学 | 外科学（普外） | | |
| 重点培育学科 | ||||
| 注：13个二级学科国家重点学科中不包含8个一级学科国家重点学科中的24个二级学科国家重点学科 | ||||
最新学科评估结果：
2013年1月，教育部公布最新学科整体水平评估结果，南京大学共有32个一级学科参评，其中27个一级学科进入前九，16个学科进入前五，9个学科进入前三，4个学科第二，3个学科第一，在C9高校中排名第三。具体评估结果：
大类 | 学科代码 | 一级学科 | 名次 |
| 理学 | 0702 | 物理学 | 1 |
| 0704 | 天文学 | 1 | |
| 0709 | 地质学 | 1 | |
| 0703 | 化学 | 2 | |
| 0706 | 大气科学 | 2 | |
| 0710 | 生物学 | 5 | |
| 0705 | 地理学 | 6 | |
| 0713 | 生态学 | 8 | |
| 0701 | 数学 | 9 | |
| 0714 | 统计学 | 26 | |
| 人文社科类 | 0502 | 外国语言文学 | 2 |
| 0303 | 社会学 | 3 | |
| 0201 | 理论经济学 | 4 | |
| 0501 | 中国语言文学 | 4 | |
| 0603 | 世界史 | 4 | |
| 0602 | 中国史 | 5 | |
| 0302 | 政治学 | 5 | |
| 0101 | 哲学 | 5 | |
| 0601 | 考古学 | 6 | |
| 0301 | 法学 | 11 | |
| 0503 | 新闻传播学 | 13 | |
| 管理学 | 1205 | 图书情报与档案管理 | 2 |
| 1202 | 工商管理 | 8 | |
| 1201 | 管理科学与工程 | 19 | |
| 工学 | 0830 | 环境科学与工程 | 3 |
| 0818 | 地质资源与地质工程 | 6 | |
| 0835 | 软件工程 | 7 | |
| 0809 | 电子科学与技术 | 7 | |
| 0812 | 计算机科学与技术 | 8 |
