生化笔记--沈同(适用第2版及第3版)第十六章 细胞代谢和基因表达的调控



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更新时间 2005-9-7 22:50:42 
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细胞代谢包括物质代谢和能量代谢。细胞代谢是一个完整统一的网络,并且存在复杂的调节机制,这些调节机制都是在基因表达产物(蛋白质或RNA)的作用下进行的。
重点:物质代谢途径的相互联系,酶活性的调节。
第一节 物质代谢途径的相互联系
细胞代谢的基本原则是将各类物质分别纳入各自的共同代谢途径,以少数种类的反应转化种类繁多的分子。不同代谢途径可以通过交叉点上关键的中间物而相互转化,其中三个关键的中间物是G-6-P、丙酮酸、乙酰CoA。
一、 糖代谢与脂代谢的联系
1、 糖转变成脂
       图

糖经过酵解,生成磷酸二羟丙酮及丙酮酸。磷酸二羟丙酮还原为甘油,丙酮酸氧化脱羧转变成乙酰CoA,合成脂肪酸。
2、 脂转变成糖
       图
甘油经磷酸化为3-磷酸甘油,转变为磷酸二羟丙酮,异生为糖。
在植物、细菌中,脂肪酸转化成乙酰CoA,后者经乙醛酸循环生成琥珀酸,进入TCA,由草酰乙酸脱羧生成丙酮酸,生糖。
动物体内,无乙醛酸循环,乙酰CoA进入TCA氧化,生成CO2和H2O。
脂肪酸在动物体内也可以转变成糖,但此时必需要有其他来源的物质补充TCA中消耗的有机酸(草酰乙酸)。
糖利用受阻,依靠脂类物质供能量,脂肪动员,在肝中产生大量酮体(丙酮、乙酰乙酸、β-羟基丁酸)。
二、 糖代谢与氨基酸代谢的关系
1、 糖的分解代谢为氨基酸合成提供碳架
      图
糖 → 丙酮酸 → α-酮戊二酸 + 草酰乙酸
这三种酮酸,经过转氨作用分别生成Ala、Glu和Asp。
2、 生糖氨基酸的碳架可以转变成糖
     凡是能生成丙酮酸、α—酮戊二酸、琥珀酸、草酰乙酸的a.a,称为生糖a.a。
     Phe、Tyr、Ilr、Lys、Trp等可生成乙酰乙酰CoA,从而生成酮体。
     Phe、Tyr等生糖及生酮。
三、 氨基酸代谢与脂代谢的关系
氨基酸的碳架都可以最终转变成乙酰CoA,可以用于脂肪酸和胆甾醇的合成。
生糖a.a的碳架可以转变成甘油。
Ser可以转变成胆胺和胆碱,合成脑磷脂和卵磷脂。
动物体内脂肪酸的降解产物乙酰CoA,不能为a.a合成提供净碳架。
脂类分子中的甘油可以转变为丙酮酸,经TCA进一步转变为草酰乙酸、α—酮戊二酸,这三者都可以转变成氨基酸。
四、 核苷酸代谢与糖、脂、氨基酸的关系
核苷酸不是重要的碳源、氮源和能源。
各种氨基酸,如Gly 、Asp 、Gln是核苷酸的合成前体。
有些核苷酸在物质代谢中也有重要作用:
ATP  供能及磷酸基团。
UTP  参与单糖转变成多糖(活化单糖)。
CTP  参与卵磷脂合成。
GTP  为蛋白质合成供能。
五、 物质代谢的特点
1、 TCA是中心环节
代谢途径交叉形成网络,主要联系物:丙酮酸、乙酰CoA、柠檬酸、α-酮戊二酸、草酰乙酸。
2、 分解、合成途径往往是分开的,不是简单的逆反应。
在一条代谢途径中,某些关键部位的正反应和逆反应,往往由两种不同的酶催化,一种酶催化正反应,另一种酶催化逆反应。
以糖代谢为例:
  P421

3、 ATP是通用的能量载体
乙酰CoA进入TCA后,完全氧化生成CO2、H2O,释放的自由能被ADP捕获转运。否则,自由能以热能形式散发到周围环境中。
4、 分解为合成提供还原力和能量
物质代谢的基本要略在于:生成ATP、还原力和结构单元用于体内生物合成。
NADPH专一用于还原性生物合成,NADH和FADH2主要功能是通过呼吸链产生ATP。
ATP来源:(1)底物水平磷酸化、(2)绿色植物和光合细菌的光合磷酸化、(3)呼吸链的氧化磷酸化。
NADPH来源:
(1)植物光合电子传递链
(2)磷酸戊糖途径
(3)乙酰CoA由线粒体转移到细胞质时伴随有NADH的氧化和NADP+的还原,所产生的NADPH可用于脂肪酸合成  P422图22-4

有机物分解产生构造草料和能量大致可以分三个阶段:P423 图22-5
(1)将大分子分解为小分子单元,释放的能量不能被利用。
(2)将各种小分子单元分解为共同的降解产物乙酰CoA,产生还原力NADPH和少量ATP。
(3)乙酰CoA通过TCA被完全氧化成CO2,脱下的电子经氧化磷酸化产生大量的ATP。
5、 分解、合成受不同方式调节
单向代谢的反馈调节
                          顺序反馈控
分枝代谢的反馈调节       对同工酶的反馈抑制
协同反馈抑制


第二节 代谢调节
代谢调节是生物长期进化过程中,为适应环境的变化的而形成的一种适应能力。进化程度越高的生物,其代谢调节的机制越复杂、越完善。
生物代谢调节在三个水平上进行,即酶水平、细胞水平、多细胞整体水平(神经、激素)。酶和细胞水平的调节,是最基本的调节方式,为一切生物所共有。



神经水平调节  



激素水平调节



物  
细胞水平调节

酶水平调节 单细胞生物
神经调节:整体的、最高级的调节。
激素调节:受神经调节控制。第二级调节。
酶调节:原始的、基本的调节。第三级调节。
酶水平的调节:酶活性调节(酶原激活、别构效应、共价修饰)和酶含量(基因表达调控)
一、 酶水平的调节
酶水平的调节,主要通过酶定位的区域化、酶活性的调节、酶含量的调节,这三个方面进行。
1、 酶定位的区域化
酶在细胞内有一定的布局和定位。催化不同代谢途径的酶类,往往分别组成各种多酶体系。多酶体系存在于一定的亚细胞结构区域中,或存在于胞质中,这种现象称为酶的区域化。
功能:浓缩效应,防止干扰,便于调节。
⑴多酶体系在细胞中区域化,为酶水平的调节创造了有利条件,使某些调节因素可以专一地影响细胞内某一部分的酶活性,而不致影响其它部位酶的活性。
⑵此外,酶定位的区域化,使它与底物和辅助在细胞器内一起相对浓缩,利于在细胞局部范围内快速进行各个代谢反应。
主要代谢途径酶系在细胞内的分布:
胞质:糖酵解,糖原合成,磷酸成糖途径,脂肪酸合成,部分蛋白质合成。
线粒体:脂肪酸β氧化,三羧酸循环,呼吸链,氧化磷酸化。
细胞核:核酸的合成、修饰。
内质网:蛋白质合成,磷脂合成。
胞质和线粒体:糖异生,胆固醇合成
溶酶体:多种水解酶
2、 酶活性的调节
调节方式:酶原的激活
            pH改变,如溶菌酶。pH7,无活性。pH5,活性高。
            同工酶
            共价修饰
            反馈调节(生物体内最重要)
特点:调节快速、灵敏,数秒至数分钟可完成。
(1)、 共价修饰和级联放大  P430图22-14
磷酸化/脱磷酸化
腺苷酰化/脱腺苷酰化
(2)、 前馈和反馈调节
前馈调节:底物对酶活性的调节,一般是前馈激活,但也可能是前馈抑制。当底物浓度过高时可避免该代谢途径的过分拥挤和产物的大量合成,如高浓度的乙酰CoA是乙酰CoA羧化酶的别构抑制剂,可避免丙二酸单酰CoA大量合成。
反馈调节:产物对酶活性的调节,一般是反馈抑制,但也有反馈激活。
a.反馈抑制      单价反馈抑制
                 多价反馈抑制
当序列终产物浓度积累过多时,会抑制初始反应的酶活性,使整个体系反应速度降低。
b. 顺序反馈抑制
c. 协同反馈抑制
d. 累积反馈抑制
e. 同工酶反馈抑制
f. 反馈激活和前馈激活
(3)、 反馈激活:
(4)、 前馈激活:
如在糖酵解中,1.6—二磷酸果糖,可提高后面丙酮酸激酶的活性,加速磷酸烯醇式丙酮酸转变为丙酮酸。
如当丙酮酸不能经乙酰CoA进入TCA时,丙酮酸积累,磷酸烯醇式丙酮酸转化成草酰乙酸,后者可合成a.a和嘧啶核苷酸。合成出的嘧啶核苷酸,反馈激活磷酸烯醇丙酮酸羧化酶,促进草酰乙酸合成,保证TCA对草酰乙酸的需要。
3、 酶合成的调节(基因表达的调节)
酶合成调节,是通过酶量的变化来调控代谢速率。
二、 细胞水平的调节
(1)控制跨膜离子浓度剃度和电位梯度
(2)控制跨膜物质运输
(3)区隔化:浓缩作用,防止干扰,便于调节
(4)膜与酶可逆结合:
双关酶:能与膜可逆结合,通过膜结合型和可溶型的互变来调节酶的活性。双关酶大多是代谢途径的关键酶和调节酶,如糖酵解中的己糖激酶,磷酸果糖激酶,醛缩酶,3-磷酸甘油醛脱氢酶,氨基酸代谢的Glu脱氢酶,Tyr氧化酶:参与共价修饰的蛋白激酶,蛋白磷酸脂酶等。
三、 激素水平的调节
第三节 基因表达的调节
基因表达有几个水平的调节
⑴转录水平
⑵翻泽水平
⑶加工水平  转录后加工、翻译后加工
⑷蛋白质活性调节
其中最关键的是⑴,基因表达的控制主要发生在转录水平,原核生物尤其如此。
时序调节
适应调节
一、 原核生物基因表达的调节
1、 纵子模型
操纵子是基因表达的协调单位,它含有在功能上彼此有关的多个结构基因及控制位,控制部位由启动子和操纵基因组成。
一个操纵子的全部基因排列在一起,其中含多个结构基因,转录产物是单个多顺反mRNA,操纵子的控制部位可受调节基因产物的调节。
2、 组成型基因和诱导型基因
组成酶(构成酶),受环境影响小,正常代谢条件下表达。如糖酵解的酶。
诱导酶(适应型酶),对不同的生存环境有不同的表达。如半乳糖苷酶。
3、 正调控和负调控
在没有调节蛋白质存在时,基因是关闭的,加入调节蛋白后,基因活性被开启,此为正调控。
在没有调节蛋白存在时,基因是表达的,加入调节蛋白后基因表达活必被关闭,此为负调控。
在正调控中,调节蛋白称诱导蛋白。
在负调控中,调节蛋白称阻遇蛋白。
4、 原核生物结构基因表达的4种控制模式。
负调控:诱导作用,应使阻遇蛋白解离DNA。
阻遇作用,应使阻遇蛋白结合DNA。
P451图22-25

正调控:诱导作用,应使诱导蛋白结合DNA。
阻遇作用,应使诱导蛋白解离DNA。
图片9-1 《杨歧生》 P272

5、 大肠杆菌乳糖操纵子  Lac操纵子
结构图: P453 图22-26

LacZ、LacY、LacA为结构基因,上游依次为操纵基因、启动子和调节基因LacI。
     当细胞内无诱导物(乳糖或IPTG)存在时,阻遏蛋白与操纵基因结合。由于操纵基因与启动子有一定程度重叠,妨碍了RNA聚合酶在-10序列上形成开放性启动子复合物。
当细胞内有诱导物(乳糖或IPTG)存在时,诱导物与阻遏蛋白结合,改变阻遏蛋白构象,使之迅速从操纵基因上解离下来。这样RNA聚合酶就能与启动子结合,并形成开放性启动子复合物,从而开始转录LacZYA结构基因。
    图片8-3《孙乃恩》P 285

IPTG:异丙基-β-D硫代半乳糖苷(安慰诱导物),能对乳糖操纵子产生极强的诱导效应,是强诱导物。
6、 色氨酸操纵子(trp)的转录调控
trp操纵子负责Trp的合成,通常是开放的,调节基因的产物使它关闭,这种调控作用称为可阻遏型的负调控。
⑴E.coli trp操纵子有5个结构基因,trpE-D-C-B-A。
⑵在trpE的上游有三个区段trpP-O-L, trpL是一段162bp序列,转录到mRNA中成为前导序列,对操纵子的转录起调控作用。
⑶在染色体90分区有trpR基因,编码12.5kd的阻遏蛋白亚基,能以四聚体形式结合到trpO。
TrpP与一般原核基因启动子一样,具有-10序列和-35序列,-10序列完全位于trpP之内。
E.coli trp操纵子的组成及基因产物的功能。
图片:

E.coli 具有合成各种a.a的能力。在多数情况下,只有在培养基不供应外源a.a时,才去合成产生该a.a所必须的酶系。
当细胞内Trp浓度较高时,Trp与阻遏蛋白(trpR基因产物)结合,产使它具有活性,从而与trpO基因结合,关闭转录。
当细胞内Trp浓度很低时,阻遏遇蛋白上的Trp解离出来,使阻遏蛋白失活,并失去与trpO结合的能力,开启转录。
图片:
7、 trp操纵子的前导序列
trp mRNA分子一旦开始合成,在trpE基因开始转录之前,大多数mRNA会停止生长,这是因为前导序列(trpL)对操纵子调控发挥了重要作用。
trp mRNA的前导序列及前导肽。
结构基因上游具有:启动子—操纵基因—前导序列—衰减子区。
mRNA 5,端有162b,其中139个构成前导序列。前导序列由14个a.a的前导肽、4个互补区段和1个衰减子终止点构成。
衰减子:位于结构基因上游前导区的终止信号。
前导序列的特点:
⑴前导序列的某些区段富含GC。尾部有一个含8个U的区段,易极成不依赖于ρ的终止信号。(3区与4区构成终止信号的发夹结构)
⑵1区和2区构成第二个发夹结构,其中1区处于14个a.a的前导肽序列中。
⑶3区与2区也能形成另一个发夹结构,从而可阻止3区与4区形成终止发夹结构。
⑷前导序列RNA编码一段14a.a的前导肽,并有一终止密码子UGA
⑸前导序列中,并列二个Trp密码子.
在mRNA合成过程中,1区与2区若先配对,则3区与4区配对,终止转录.
图片:
阻遏和衰减机制,虽然都是在转录水平上进行调节,但是它们的作用机制完全不同,前者控制转录的起始,后者控制转录起始后是否继续下去。
氨基酸合成操纵子前导肽序列
P454表22-2

生长速度调节:  严紧控制
基因表达时序调节:
翻译水平调节:
二、 真核基因表达的调节

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